国家级深沪湾海底古森林遗迹自然保护区是国务院1992年10月批准建立的。保护区位于晋江市深泸湾内，面积31平方公里，其保护对象为海底古森林、牡蛎礁和海蚀变质岩等。这种类型的保护区在我国是独一无二的，在世界上也是少有的。
　　
保护区濒临台湾海峡，地理结构奇特，名胜古迹甚多，自然风景优美，社会经济人文条件优越。区内埋藏于潮间带经历7800多年历史的油杉树林遗迹有20多棵，大片成长于数千年的牡蛎礁，典型的海蚀红土陵岩、卵石海滩岩和现代堆积中的细沙丘，以及可展示古生代、中生代、新生代等漫长地质历史演变的独特、典型、出露良好而又多种多样的海蚀变质岩。
　　
深沪湾海底古树桩民间早有发现，但不知其科学价值，长期未能引起注意。其实，福建泉州、晋江一带早就有“沉东京、浮福建”的古代传说，且影响深远，这可能是指深沪湾陆地的沉没，扦可与深沪湾海底古森林遗迹相联系。80年代以来我国地震专家首次在福建、广东沿海调查“沉东京”与历史地震的关系，为现代地震预测积累了许多重要的科学资料。海底古森林和牡蛎礁遗迹的严格保护，将有利于深沪湾和台湾海峡地质构造运动和地震的研究。
　　
7000年前的海底古森林和近万年前的牡蛎礁等珍贵的“自然古迹”以及深沪湾海陆变迁的生动史话，对科学工作者或是游人都具有极大的吸引力。保护区既可对群众进行科普教育，使群众特别是青少年获得科学知识,又可为发展海滨旅游业提供重要的资源。
　　
在日本富士湾和鱼津分别发现了赤杨和柳杉的海底古森林，已被列为国际自然遗迹。赤杨只有4棵，距今八九千年；柳杉才有十几棵，距今2000年。而我国深沪湾的海底油杉，从年代、规模、数量方面均可与之妣美。国内外的专家、学者对此有极大的兴趣，且多次前往考察、研究。在海外的泉州、晋江籍华侨也为故乡有此珍宝而骄傲。深沪湾海底古森林遗迹自然保护区的真正价值将逐步被世界所认识，成为人类宝贵的自然历史遗产。