位于闽江南岸，又名翠旗山，脉延闽侯县南屿、上街两乡镇，山势逶迤似翠旗招展，故名。与鼓山东西对峙，有“右旗左鼓，全闽二绝”的佳誉。山势延绵数里，山峰海拔高达775米。

旗山佳景，以东麓为最。在太平山上有郑善夫所书“旗山第一峰”石刻，字径一尺，遒劲雄浑。西北有石松寺，建于宋大中祥符三年（1010年），原名灵凤寺。因宋绍兴十年（1114年）寺僧天石样师栽松于石，改名为石松寺。现存寺的木结构建筑为明万历年间兴建，沿寺右侧直通棋盘峰的蜿蜒山路上，有玉卵石、仙桃凌空、佛帽高放等崖石景致，形象惟肖。崖下有勾漏洞，里面大小纵横交错，循环不已，水深见底。洞后两块巨石对峙，游人要侧身而过，经“一线天”攀上仙人石，便能望见棋盘峰顶由八块巨岩组成的棋盘石，棋盘石旁有一石洞，内刻明林应起行书“游仙洞”三字。对面半山坡是鸡鸣寺遗址，寺内有沥泉洞，一泓清泉，久旱不涸。北坡有一形如大鼓的鼓，旗山诸寺鸣钟擂鼓时，鼓能回音共鸣。山脚留前村有连环洞，洞口三块方石峙成品字形，洞中有洞，无数蝙蝠栖居。

旗山之南，锦溪以西，有白鹤山，古有白鹤建窠顶上。五代后唐同光二年（924年）建有仙宗寺。鹤山以西有崎头山，峰峦奇秀，上有仙人石，下横浯江，山畔巨石临水，俗称醉鱼。旗山北麓有超山寺，建于元秦定初年，寺西有龙潭山，山下有深潭巨壑，潭上有四块奇石，形似龟、蛇、剑、印、俗称“四灵石”，旁有溪源宫。

旗珠峰的龙谷寺是旗山总寺，建于唐元和九年（814年），清顺治年间，因洪梦揭竿起义，清军清剿，波及寺及周围庵观，焚毁几尽，被害者尸身聚葬，山下溪畔，垒成三个土墩，称“洪墓墩”。